Potencjał szpitali klinicznych mógłby być lepiej wykorzystywany, ale obowiązujące przepisy utrudniają zachowanie partnerskich stosunków pomiędzy uczelniami medycznymi a szpitalami klinicznymi – twierdzi najwyższa Izba Kontroli. Uczelnie pełniąc rolę nadrzędną prowadzą w szpitalach badania, korzystają z ich sprzętu, zatrudniają tam dodatkowo własną kadrę i organizują studenckie staże – teoretycznie za wszystko płacąc. W praktyce jednak najczęściej przekazywane szpitalom środki są zbyt małe, żeby pokryć wszystkie koszty. Szpitale zostają więc ze sprzętem do naprawienia, rachunkami do uregulowania i długami do spłacenia.